La ermita de Jesús Nazareno, de estilo barroco, se encuentra en el barrio del Mesón de Arroyo y estaba a espaldas del desaparecido Convento de Santa Cruz (más tarde Asilo de San Ramón y San Fernando).

Tiene planta de cruz latina, una sola nave cubierta con bóveda de medio cañón, y el crucero con cúpula de media naranja. Coro a los pies con balaustrada de madera y campanario en espadaña. La capilla mayor tiene un retablo barroco con columnas salomónicas, coronado con un lienzo de Jesús crucificado atribuido a Alonso Cano. En el camarín se guarda la imagen de Jesús Nazareno, además existen dos lienzos anónimos con el Prendimiento y Jesús ante Caifás. En el lado derecho del crucero conserva un retablo y altar destinados al culto de Nuestra Señora de las Angustias, y hornacina donde se encuentra la Vera Cruz. En el lado izquierdo se encuentra el altar que estaba destinado a San Juan Evangelista y hornacina donde se ubica Santa Marcela.
En el año 1695, los hermanos mayores de la Hermandad de Jesús Nazareno, solicitan licencia al cabildo para la construcción de la actual ermita de Jesús: "...que tenemos tratado y concertado de hacer ermita e iglesia donde estén colocadas las insignias de Jesús Nazareno, Nuestra Señora de las Angustias y las demás que componen la procesión que dicen de los nazarenos que sale los viernes santos por la mañana...". En el cabildo de 26 de agosto de 1695 se concede dicha petición.
Tras diez años de obras, el 27 de septiembre de 1705, se inaugura trasladándose la imagen de Jesús Nazareno a su ermita, desde la de San Roque, donde había estado hasta entonces.
En el cabido de 20 de julio del año 1715, se le concede licencia para que el día 19 de agosto de dicho año se celebre una corrida de toros, con el fin de recaudar fondos para dorar el retablo de la capilla de Jesús Nazareno.
Se salvo de la Desamortización al declararse ayuda de parroquia por la Administración de Propiedades del Estado, gracias a la reacción popular.
En el año 1909, fue objeto de importantes reparaciones; al igual que en el año 1925, en que se costeó por parte de la Hermandad de Jesús Nazareno, siendo presidente Francisco González Jiménez, la solería en blanco y gris, escalones de mármol de Loja para el presbiterio, pintura de la ermita, restauración de cuadros y cristalería central.
En la noche del 19 al 20 de julio del año 1936 fueron incendiadas sus imágenes y enseres en el exterior, siendo uno de las pocos edificios religiosos que se salvó de las llamas, aunque sufrió importantes desperfectos que tuvieron que ser subsanados.
Después de la guerra civil se recuperaron las hermandades e imágenes que tenían su sede canónica en la ermita de Jesús, a excepción de la de San Juan Evangelista.
En la actualidad, las hermandades de Nuestra Señora de las Angustias y Santa Vera Cruz, Jesús Nazareno y Santa Marcela tienen su sede canónica en la ermita de Jesús Nazareno.